2割特例は終了、「3割特例」へ｜令和8年度改正でインボイスの経過措置はこう変わる

2割特例終わります

インボイス制度の開始から3年。小規模事業者を支えてきた「2割特例」が、いよいよ終わりを迎えます。

令和8年度税制改正では、この2割特例の終了とあわせて、個人事業者限定の「3割特例」の創設、買手側の仕入税額控除の割合の見直し、簡易課税の届出期限の弾力化など、複数の改正が行われました。

そして、その一部は令和8年10月1日から動き出します。この記事を書いている時点で、残り2か月ほどです。

売手側（免税事業者からインボイス発行事業者になった方）と買手側（免税事業者との取引がある方）に分けて、何がいつ変わるのかを整理します。

1. 2割特例はいつ終わるのか

2割特例は、免税事業者がインボイス発行事業者になったことで課税事業者となった場合に、納付税額を「売上に係る消費税額の2割」とすることができる制度です。
事前の届出が不要で、申告時に選択できる手軽さから、多くの事業者に利用されてきました。

この特例の適用対象は、令和8年9月30日までの日の属する各課税期間です。したがって——

• 個人事業者：令和8年分（令和8年12月31日終了）が最後
• 法人：令和8年9月30日を含む事業年度が最後（例：3月決算なら令和9年3月期）

決算期によって「最後の年」が変わる点に注意が必要です。顧問先が複数の法人を持っている場合、決算期ごとに終了時期が異なります。

2. 個人事業者限定の「3割特例」が新設

令和8年度改正により、2割特例に代わるものとして「3割特例」が創設されました。ただし、内容をよく確認する必要があります。

ここが最大の注意点です。3割特例は個人事業者限定で、法人は使えません。

「2割が3割になるだけでしょう」と受け止められがちですが、法人にとっては特例そのものが消滅します。
2割特例で申告してきた小規模法人は、その次の課税期間から本則課税か簡易課税かを自分で選ばなければならないのです。

負担率で言えば、売上1,000万円・消費税100万円の事業者であれば、2割特例なら20万円、3割特例なら30万円。（5割増しの負担増）
事前の資金繰りへの対応も必要になってくる話です。

3. 買手側：10月からは80％控除が70％控除に

免税事業者等からの課税仕入れについては、インボイス制度開始後3年間、消費税相当額の80％を仕入税額控除できる経過措置が設けられていました。

当初は令和8年10月から50％に引き下げられる予定でしたが、令和8年度改正により、適用期限が2年延長されたうえで、縮小のスケジュールがなだらかに見直されました。

急激な負担増は避けられましたが、それでもこの10月から80％→70％に下がることに変わりはありません。

あわせて導入された「1億円の壁」

見落とされがちなのが、控除限度額の導入です。1つの免税事業者等からの課税仕入れの合計額が年間1億円を超える場合、その超えた部分についてはこの経過措置の適用がありません。

建設業、運送業、不動産管理業など、特定の免税事業者に外注が集中している業種では、この基準に触れる可能性があります。取引先ごとの年間仕入額を把握しておく必要が出てきました。

会計システムの税区分への対応

そして実務上、いちばん事故が起きやすいのはここです。

10月1日をまたいで、会計ソフトの経過措置に係る税区分を「80％控除」から「70％控除」に切り替える必要があります。
クラウド会計であればベンダー側で税区分は追加されますが、継続取引の仕訳辞書や自動仕訳ルールに古い税区分が登録されたままだと、そのまま流れ続けます。

• 9月中の取引と10月以降の取引で税区分が分かれること
• 9月末締め・10月支払いの取引がどちらの税区分になるか（判定は「課税仕入れを行った日」）
• 定期的な支払い（家賃、外注費、リース料など）の自動仕訳設定

このあたりは、10月に入ってからではなく、9月のうちに一度点検しておくことをおすすめします。

４. 特例終了後に検討すること

2割特例・3割特例が使えなくなった後は、本則課税か簡易課税かを選ぶことになります。

簡易課税は、売上に係る消費税額にみなし仕入率を掛けて仕入税額控除を計算する方法です。
業種によってみなし仕入率が異なり、事業区分によっては本則課税より有利になることも、不利になることもあります。
実際の仕入率と比較して判断する必要があります。

そして、簡易課税を選ぶには事前に届出書を提出しなければなりません。
この届出期限については令和8年度改正で緩和されており、少し複雑な取扱いになっています。
とくに7月・8月・9月決算の法人には、この夏のうちに判断を終えなければならない期限があります。
該当する可能性がある方は、法人向けの解説記事をご確認ください。

5. いま確認しておきたいこと

売手側・買手側それぞれの立場で、次の点を整理しておくと安心です。

売手側（2割特例を使ってきた方）

• 自分の課税期間で2割特例が使える最後の期はいつか
• 個人事業者か法人か（3割特例が使えるかどうかの分岐）
• 3割特例が使えない場合、本則課税と簡易課税のどちらが有利か
• 簡易課税を選ぶ場合の届出期限（改正後の期限が使えるケースか）
• 納税額が増えることを織り込んだ資金繰り

買手側（免税事業者との取引がある方）

• 10月1日以降の会計システムの税区分設定
• 自動仕訳ルール・仕訳辞書に登録された古い税区分の見直し
• 免税事業者ごとの年間仕入額（1億円基準への抵触可能性）
• 経理担当者への周知と、9月・10月の締め処理のルール決め

おわりに

インボイスの経過措置は、「延長された」というニュースだけが伝わりがちです。
しかし中身を見ると、売手側は特例の縮小と法人の除外、買手側は控除割合の引下げと新たな上限の導入と、いずれも負担が増える方向の改正です。

特に10月1日の切替えは、経理の現場で静かに事故が起きるタイプの改正だと感じています。
数字が合わなくなってから気づくのではなく、9月のうちに設定を見直しておきたいところです。

税理士事務所ウィルライトでは、消費税の申告方式の有利判定から、クラウド会計の税区分設定の見直しまで、実務に踏み込んだ形でご支援しています。
ご不安な点があれば、お気軽にご相談ください。

本記事は令和8年7月時点で公表されている法令・国税庁公表資料等に基づいて作成しています。個別の適用関係については、必ず最新の法令・通達をご確認いただくか、税理士にご相談ください。

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